皇甫嵩、朱儁向南乘胜进攻在陈国附近的黄巾军，陈王刘宠善战，又善于射弩，指挥弩兵顽强抵抗黄巾军，黄巾贼众遭遇夹击，只得逐渐向南撤到了汝南城周围。
皇甫嵩和朱儁一边阻止黄巾贼向南溃逃和汝南的彭脱汇合，一边继续南下准备攻打彭脱。大军沿着汝河前进，探查到了敌人的踪迹。朱儁命佐军司马孙坚为先锋，前往攻打黄巾贼。不料孙坚在西华遭遇了彭脱的主力军。
孙坚奋勇拼杀，但终究因为兵少而被彭脱击溃，余下兵士四散而逃。孙坚只得拼命逃回大营，却意外受伤坠下马来，暂时隐藏在草丛之中，躲避敌军的搜索。
逃回去的将士没有人知道孙坚的状况，准备返回营寨，此时孙坚的坐骑发出了嘶鸣。将士们跟着他的坐骑努力寻找，在远处的草丛中发现了孙坚，带他返回了大营。
由于彭脱的主力作战比较勇猛，朱儁和皇甫嵩准备等待援兵到来再行进攻。这时豫州刺史王允、陈王刘宠的部队开始向西华靠拢。于是合兵攻打黄巾贼，爆发了大战。
因为曹操和孙坚等将校的奋勇拼杀，加上从各地赶来的援军夹击，黄巾军很快落得下风，最终大败。黄巾军的剩余部众或者投降，或者逃散，三郡的叛乱被全部平定。
皇甫嵩上书报告作战情况，汉灵帝因功诏令皇甫嵩代理行车骑将军，封为都乡侯。朱隽为西乡侯，升为镇贼中郎将。护军将军傅燮功劳也很多，也应该封赏。但是因为先前上疏得罪宦官而遭到赵忠诬陷，皇上记得傅燮之前上疏的事情，没有加罪于他，然而也没有封赏他。
曹操也因功升迁为济南相，济南国下面有十多个县，当地官员大多阿谀奉承和谄媚权贵，声名狼藉，于是曹操上奏朝廷，罢免了其中八个典型的代表。
同时曹操下令禁止不合礼制的祭祀，出兵整治周围作乱的盗贼，盗贼只得逃窜。这时的曹操仍旧一腔热血，同时也得罪了权贵，朝廷明升暗降，调离他到东郡任太守。他托病回归乡里，开始了春夏读书，秋冬狩猎的隐居生活。
不久后，徐州刺史陶谦也镇压了当地的叛乱，中原地区黄巾贼的威胁基本解除。只剩下北方张角大部和南方以张曼成、韩忠、赵弘等为首的黄巾军。
这时，南阳郡的黄巾军张曼成攻城不利，被太守秦颉斩杀，剩下的数十万的南阳黄巾军推举赵弘成为新的渠帅。等朱儁赶到，宛城已经被黄巾军占领。
荆州刺史徐璆、南阳太守秦颉与朱儁会合。三方合围南阳，攻打黄巾军赵弘月余而不能攻克。
这时就有官员跳出来上奏，请求征召朱儁回来，换人到前线讨贼。司空张温建议说：“从前秦国的白起，燕国的乐毅，统兵作战，也是旷日持久，最终才克敌制胜。
朱儁讨伐颍川有功，而且临阵变换将领，是兵家所忌讳的，可以稍给他宽限一些时日，要求他立功以观后效。”皇上听从了他的意见，下诏急切地责备朱儁战事不利，朱儁因为担心被杀，于是加紧攻击赵弘，大败赵弘并斩杀了他。于是汉灵帝下旨封朱儁为上虞侯。
不久后黄巾将领韩忠再次占据宛城抗拒朱儁。朱儁采用声东击西的办法来攻打让韩忠，他让士兵们敲着军鼓进攻宛城西南角，黄巾军果然中计，全都赶赴城墙西南抵御。朱儁却亲率精兵袭击宛城的东北角，登上城墙而入。
韩忠退守到城内小郭，惊慌失措地请求向朱儁投降，诸将都愿意接受。
但朱儁说：“如今黄巾贼起来造反，现在如果接受他们的投降，就会进一步助长叛军的势头。他们在有利的时候起兵作乱，不利的时候则请求投降。这是放纵敌人的作法，应当严厉的镇压。”朱儁连续发起猛攻，未能攻克。
他登上堆起用来观察军事动态的土山，观察到了黄巾军的动态，回头对军司马张超说：“我知道了，黄巾贼求降不成，突围又无路可走，因而死战。不如放弃包围，放开一个口子，集中兵力攻城。韩忠见到包围被解除了，必定率众各寻生路，斗志全消。”
于是朱儁解除包围，韩忠果然出战，朱儁乘势攻击，大破黄巾军，杀死一万余人。韩忠退回南阳郡城，被太守秦颉杀死。
剩下的黄巾军又推举孙夏为统帅，再次占领宛城。朱儁发起猛烈的进攻，司马孙坚率领部下率先登上城墙，攻下了宛城。
孙夏被迫逃走，朱儁就追孙夏的残部，追至西鄂县的精山，再次击溃黄巾军，斩杀一万余人，黄巾军溃不成军。
其他州郡诛杀的黄巾贼众每郡有数千人，南部黄巾的叛乱也得到了平息，只剩下北方的黄巾头目张角还未剿灭。
北中郎将卢植率军连续攻打张角，校尉邹靖招募乡勇敢前往协助讨贼。
涿郡涿县人刘备响应当地的号召，带着自己的部曲加入校尉邹靖领导的官军之中。
刘备早年喜欢结交豪杰，当地豪侠都争着依附刘备。关羽和张飞在尚未弱冠的时候就跟随刘备，誓共生死，情同手足。
当时中山大商张世平、苏双携千金，贩马来到涿郡地带，见刘备仪表不俗身边又有猛士跟随，就资助刘备，刘备得以用来集结到很多人。
北方战场上，官军斩杀和俘虏黄巾军一万余人，张角率众退到广宗县城。
卢植率军将广宗城包围，一边夯起长长的土墙抵御箭矢，一边挖掘壕沟防止敌人骑兵袭击，又制造攻城用的云梯，准备攻城，眼看马上就要攻下广宗城。恰在此时，汉灵帝派来的小黄门左丰到卢植军中视察。有人劝卢植贿赂左丰，卢植不肯。
左丰回到洛阳，对汉灵帝说：“据守广宗的贼人很容易击破，然而卢植只是让军队深沟壁垒，不思进取，等待上天诛杀张角。”汉灵帝闻言大怒，派人用囚车将卢植押解回洛阳。
卢植四海之内颇有名望，汉灵帝不能杀贤，改为减死罪一等，并派东中郎将董卓代替卢植任职。董卓进攻张角不成功，无功而返，便上疏请求朝廷派出皇甫嵩继续北上讨伐张角。
等到皇甫嵩赶来时，张角已经病死，这时由张梁领导北面的黄巾军继续和官军做抵抗。
张梁领导黄巾军负隅顽抗，皇甫嵩于首战不能攻克。第二天，皇甫嵩闭营禁出，让士兵休息。又派人观察敌军的一举一动。
黄巾军战意稍为松懈，皇甫嵩便趁夜率兵攻打，在黎明时突袭黄巾敌阵。战至下午，成功大破敌军，斩杀张梁等部三万多人，俘获投降的人数甚多。而张角则被破棺戮尸，首级被运送回京师洛阳。
此时黄巾军的主要首领张角和张梁已死，只剩张宝率领残部逃到曲阳。
皇甫嵩与钜鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀了张宝，歼灭了十多万黄巾军，黄巾之乱也就此平息。
皇甫嵩因功被封为冀州牧，以左车骑将军都幽州诸军事，由都乡侯升为槐里县侯。邹靖因功封为北军中侯，刘备也因功被封为安喜县县尉。
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