朱慈烺也是第一次上战场，不免有些紧张，骑着一匹黑马在南京城外远远的观望着。在朱慈烺军队的冲击之下，南京城门很快就陷落了，当朱由崧的军队发现四周都是敌军，城内的守军很快就崩溃了。一根根的火把点燃了，已经失去战斗力的士兵，被全部抓了起来。收缴了他们的武器之后，再将手也捆住，这使得他们再没有了反击之力。当然，在这一过程之中，有人试图反抗的，下场则是直接被击杀。接连杀了两个人之后，剩下的人也就都老实了。毕竟，没有人想死，即便只能多活一会儿也行。黄得功在同朱慈烺的军队会合以后，就带领一万人杀向南京的皇宫。
当朱慈烺随着战事的结束也进南京城，“太子殿下，朱由崧已经我手下被杀了！”这个时候，黄得功迎面赶了上来。“很好！黄将军，这一次你立了大功啊，你是我大明的定国将军！”朱慈烺由衷的赞叹道。在清理完城内的守军以后，朱慈烺正式的入主了南京城，对于马士英等人全部问斩，并且把朱由崧的首级让锦衣卫快马加鞭的送去给阮大铖。
这一仗打的非常顺利，所以南京城内并没有什么破坏，南京城内的反抗随着朱由崧的死亡就停止了，南京的兵工厂也能正常使用，但城内还需要大量的军队进行驻防，也为了防止江北的军队攻过来，黄得功的军队也得驻防安徽，当务之急是必须扩张军队。
第二天清早就喊来了黄得功，“黄将军，我们马上就要控制江苏、安徽、浙江这么广大的地盘，还有很多敌人，我想现在就扩军”
黄得功觉得太子说的也对，反正有仗打他就能建立军功，“太子殿下，我觉得目前是需要很多的军队来维持安全，但想要能打仗恐怕还得训练半年以上”
朱慈烺思考了片刻回答道“黄将军，我们的兵力还是太薄弱了，我想直接从你的部队基础上抽调一部分军队直接扩军，直接把你的那些老兵提拔上去带领新兵，我需要大量有战斗力的部队应对即将来临的大战，现在的敌人有残敌高杰、左良玉、清军、大西、大顺，如果没有足够的军队，我们会很危险”
黄得功对此并没有意见，能带领的军队当然是越多越好“殿下所说的非常有远见，末将只是武夫那些政事思考不来，行军打仗我在行，但是国家大事您定夺就好了”
朱慈烺在得到了黄得功的支持以后，提拔方国安的儿子方元科为锦衣卫总指挥，便开始了大规模的扩军计划，先将黄得功的老兵抽调出1万人作为基础扩充到10万人成为禁军由朱慈烺亲自指挥，孙守法暂为副总指挥使，1万老兵按营、卫、总旗进行提拔，1营掌管5000千人，1卫掌管1000人，1旗掌管100人，设置20营，给这些老兵都升了官他们就有带新兵的动力了，等训练三个月就能形成一定的战斗力，至于武器盔甲就更不用担心了，南京城内就有金陵制造局，还有弘光政权留下的大量辎重，话说另一头黄得功这边就安排继续驻扎安徽。
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