但是他们的敌人却是来自火墙另一边的启示录兽，一个暗中操控一切的怪兽，其实力之恐怖令孩子们不寒而栗，粉碎了数码兽们藉以进化的徽章、并分解了他们的数据资料。但是孩子们最终找回自信、使得自己内心特质发光，使数码兽们返回战场，阻止了敌人的阴谋。启示录兽被击败，数码世界重生，首先得到重生的是岛，接着是海洋，最后是大陆。源源不断的数码蛋降落在创始村，新的世界诞生后，他们必须与伙伴们分开。
而后面还有第二部的剧情。
在一个晚上他和嘉儿看到一个蛋从电脑里出来时，太一想起了这应该是光丘事件也有的说是滚球兽诞生之谜了，这也是作为一切冒险的起始事件。四年前1995年，有一颗数码蛋不小心跨越大门掉到了光丘八神太一的家中，该家中名为八神嘉儿的少女让这颗数码蛋在极短的时间内急速孵化到滚球兽、甚至进化到成熟期的暴龙兽，并打败派来回收的鹦鹉兽，这进化的速度让数码世界吓了一大跳。
期望数码世界安定者为了调查八神光，而派遣了鹦鹉兽去回收暴龙兽。并在这时将当事人八神嘉儿、以及做为比较对象的其哥哥八神太一，甚至是目睹了暴龙兽与鹦鹉兽战斗的所有人的数据全都扫瞄。经代理者分析后，发现到人类的孩子们各别都有着勇气、友情、爱情、知识、纯真、诚实、温柔等各种精神的特质。而这些特质都拥有着隐密的可能性。不过八神嘉儿却与众不同，她的是生命本身，与数码世界的进化相同意义，也与真实、美同样意思，所以就以生命之源的总称，以光来称呼八神嘉儿的特质。由于时差问题，现实世界的四年等同于数码世界的几万年。在这期间，数码兽的基本特质不断进化着。
后来，出现了能和现实世界的孩子产生特殊联系的数码兽。能够感受人类孩子的精神特质并急速的进化，还能驱逐数码世界内过剩的闇之力，也就是所谓的搭档数码兽。“期望数码世界安定者”创造了能将心的动静传达给数码兽的传达装置神圣计划，也制造了能够将孩子们的精神特质增强的增幅装置吊坠即徽章。纹章的图案则是直接使用示波器调查孩子们的心纹时出现的图案人类之子、搭档数码兽、神圣计划、徽章靠着这些人、事物，数码世界脱离了好几次重大危机。启示录兽也是也是其中之一，不过当时的孩子们与搭档数码兽的人数不足，所以无法完全封印。为此，被选召孩子的搭档数码兽进化成了四圣兽，自愿担任起保护数码世界的责任。而当时的数码兽也创造了数码兽启示录 一秒记住域名sscm.3qdu.com
这样的预言书遗留警喻后世那之后的现在，以支配数码世界为目标的黑暗四天王，看到了数码兽启示录。他们依照着里面启示录恶魔的剧本计划，命令分子兽创造黑暗龙卷山的程序，另一方面对四圣兽进行攻击。启示录兽在这时趁虚而入，将思念跨过了“火墙”来到数码世界，让黑暗四天王在无意识间被植入了对进化否定的想法。黑暗四天王在直到最后也没察觉到的状况下，建设了黑暗龙卷山，破坏了创始村的机能，将数码世界的进化给夺走了。
现实世界中，则好像被搬家到台场的嘉儿的八神家吸引一般，拥有光丘经历的其它“被选召的孩子”的家族也全都搬家到御台场附近。这些孩子们全都拥有着不一样的精神特质，“期望数码世界安定者”认为这或许并不是偶然。
知道黑暗四天王计划的期望数码世界安定者，吩咐代理者将有着搭档数码兽可能性的数码蛋运到创始村并给予保护。这件事被黑暗四天王之一小丑兽察觉，所以抢先一步袭击了代理者、将他们全灭掉。唯一存活下来的玄内抢了敌人的机械装甲兽，将徽章和数码蛋全都带着逃走。
这些数码蛋，都对应着御台场的被选召的孩子每个人。在这个时候，小丑兽在玄内的背后埋了颗暗之力凝聚而成的黑暗球。打算让玄内就算逃脱了，也无法自由活动。逃脱过程中，因为不可抗力而在沙拔大陆神赋湖的上空掉落了一颗数码蛋。这颗数码蛋孵化、进化，并在长久的流浪中，逐渐忘掉自己的使命，最后被吸血魔兽捡走做部下。
玄内为了逃过追杀，将数码蛋隐藏在当时还是冰河覆盖的边境之地法易路岛后，再度离开。最后沙拔大陆的天赋湖底制造了结界，并老化自己来停止代谢机能、借此仰止黑暗球的增大所以才会从青年变成老头子。。
覆盖着法易路岛的冰河融化，开始成为充满绿意盎然的生命之岛。孵化的搭档数码兽们慢慢的等待着搭档的到来。
而与四圣兽的战斗渐渐取得上风的黑暗四天王，开始对数码世界散布黑暗之力，并派遣了手下之一的恶魔兽过去法易路岛。当增大的黑暗之力终于让数码世界的均衡逐渐崩毁的那一刻，神圣计划为了迎接被选召的孩子，而往现实世界飞去了。
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