沈林子按计而行，堤道上两军展开激战，徐道覆军虽然人数众多，可拥挤在一起无法展开兵力优势，两军杀作一团，交战多时不分胜负，必须在刘裕回援前夺下阵地，徐道覆急红了眼，不顾士兵伤亡反复进攻，沈林子兵少，战线一点点被往北挤。
短兵相接，血腥残酷，弓弩无用，新兵露出害怕的表情，禪山急令新兵后退一百步，按事先演练的方案进入居民楼楼顶，一声令下，沈林子兵急退，五斗米道土兵暴露在弩箭下，死伤大片，第二波进攻被击退。
更加残酷的第三波攻击开始了，徐道覆许下重赏，每杀对方一人奖银一百，并挑选了五百手拿坚盾与短刀的敢死队员，后退一步立即斩首，徐道覆孤注一掷，双方进入肉搏战，架不住卢循军人多，战局慢慢地变得不利了起来，还好，这局面没维持多久，朱龄石率领的一千鲜卑骑兵到达，由于南塘的地形狭窄，骑兵全部步战，排成密集的队形，端着十多尺长的长槊，俗话说一寸长一寸强，敢死队手上全是短兵器，面对密集的槊尖，无处可避，而且因为兵力太密集，前面的人想撤都不容易，一场血战，敢死队伤亡惨重，晋军损失却非常小，徐道覆只得退回丹阳郡城。
刘裕刚到白石垒，发现卢循战船虽多，却只是用弓箭与岸上晋军对射，并不靠岸，暗叫一声“上当了”，立即命令班师。到了石头城，他下令：大家别赶了，原地休息。随后让士兵们吃饱喝足，脱下铠甲，好好地睡了一觉。第二天一大早，养足精神的晋军赶到秦淮河。
没有多久，败将徐赤特逃到石头城，刘裕问明情况，大怒，“违我军令擅自出击，败阵后又弃军而逃，不杀何以服众，来人，拖下去斩首示众。”徐赤特为刘裕亲信，众将见到首级，莫不心惊。第二天，刘裕军发起反攻，徐道覆抵挡不住，急下卢循请求增援，并建议重兵在丹阳郡城进行决战，占住进攻建康的桥头堡，卢循迟疑不决，无奈之下，徐道覆退出丹阳郡城，撤回到蔡洲。
双方进入“冷战”期，珠宝细软，粮食等都被运到广东大本营了，卢循采取的是以战养战，所以分兵袭击京口和沿江各城，但因为大军得在建康与晋军对峙，不可能抽出太多兵力进攻其它城市，因晋军防守严密或坚壁清野，一无所获，因人数众多又远离后方，过了一个多月，南方军吃穿都成了问题，卢循找到徐道覆商议说，如今军队已经疲惫不堪，再留这里不被刘裕打垮也要被饥饿拖垮，在经历了苦痛挣扎后，两人达成一致意见：走吧，走吧。船队撤往江州，计划攻下荆州后做好打持久战的准备。于是卢循军从蔡洲西撤，回师寻阳，历时两个月的建康保卫战以晋军胜利而告结束。
幸得天书加持，守住半壁江山，司马德文与司马休之对着四郐天书拍着额头称幸，果然天不灭大晋，在这次保卫战中，因为招兵买马，司马休之的军权壮大了不少，让司马氏看到了重新掌握朝政的需要。保卫战中，刘裕威望急速上升，我们得借刘毅之手制衡，司马休之提出。
刘毅一方，心有所不甘，况且，朝中又有议论，刘裕虽立大功，但这个窟窿本是刘裕北伐南燕捅出来的，只是将功补过而巳，刘毅感到自个并不孤单，还有大量朝臣支持，于是向朝廷上书，要求指挥本次西征，以卢循、徐道覆的人头洗刷自己的耻辱。一个人脸皮厚也不会厚到这个地步吧，刘裕想不通了，之前不听劝告导致全军覆灭，现在战局扭转想着摘桃子。手下长史王诞也秘密向刘裕建议：“这种盖过前代的功绩岂能与他人分享，并且刘毅与公一道起自布衣，只是一时相推，并不甘心为公下属，他既然战败丧师，就不能再给他有立功恢复声誉的机会了。”其中道理刘裕深知，于是，朝廷下圣旨，诏曰：任命太尉刘裕为主帅，率领兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等率军西上，讨伐妖贼卢循，后将军刘毅留守建康，统帅建康城内所有驻军，朝廷体恤功臣，特调刘穆之回京辅佐，听从后将军刘毅节制。
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